本尊是密宗最重要的概念之一，念咒也是密宗最重要的修行方法之一。
很多人对本尊（念咒）与修行的关系有所迷惑，2008年7月宗萨钦哲在
香港的这段开示非常切中要害。
本尊
“本尊”是一个金刚乘的专有名词。从较普遍的佛法上讲，唯一被提及的名词是“佛”。如果你去上座部（南传佛教）的国家，本尊几乎是次于佛陀的。事实上，很多地方也许连“本尊”这个概念都没有。比如，尽管在密乘中，文殊、观音或度母等本尊被珍视为与佛同等，但如果你去到上座部（南传佛教）的国家，首先，他们可能连诸如观音菩萨的形象都没有。即便是有，这些本尊一般上也被称作佛陀的“俗家弟子”。他们不是真正的“本尊”，他们是“弟子”，就象阿难或者须菩提一样。事实上，他们还是等级较低的弟子，因为他们不是出家众。
同时，“本尊”也常常被指为是天人、神仙。不幸的是，即便我们谈到密续的“本尊”时，我们的心还是马上把它与某种天神联系在一起。所以，一旦提起“本尊”这个词，我们想到的是光圈、有超凡能力且样貌好看的本尊、发光、不同的颜色、飞来飞去等等。其实，密续的“本尊”不外是指一种觉醒的状态。所以，它不必是个天神类的生命。它真的不是。密续的“本尊”不是指一个神圣、天神类的生命。它是一种觉醒的境界。
意本尊
密续的本尊通常有三种形式：身、语、意。在这三者之中，我们可以说“意本尊”是最重要的。简要来说，这个没有造作的“当下”的心，这个由上师给你引介的，这个你在维续保持着的——那就是究竟的本尊。保持它，或培养它，就是我们所说的“亲近本尊”、“向本尊祈请”、“皈依本尊”。但是这却很难做到，因为这太容易，也因为我们造作、伪造的习性太强了。
语本尊
接下来我们有咒语作为“语本尊”。“嗡嘛呢呗美吽” 或者任何你在念诵的咒语也都是本尊。咒就是本尊，本尊即是咒——你明暸这点是很重要的。如我前面所讲的，对我们大多数人而言，要接受这点可能是困难的，因为对我们来说，一旦提到“本尊”这个词，我们认为它指的是个有手有嘴、可以作为我们供花对象、看起徕象是人类的某人。所以，要接受咒就是本尊需要些时间。为什么金刚乘的修行人被要求念很多咒语呢？因为累积咒数可以使你趋近本尊。而趋近本尊意味着接近觉醒的境界。这是究竟的目标，你们必须牢记。
身本尊
最后，身本尊。我想你们对这应该相当熟悉了。观音菩萨、文殊菩萨、橙色、蓝色、红色；标志如金刚、莲花、月轮、光圈——这些全都是身本尊。同样的，我们能做得最好的就是试图观想本尊不断地来回发光。如果做不到，那你可以塑一个佛像，画幅唐卡或者请一幅图像；供在佛坛上，注视它、做供养，并恭敬顶礼。做这一切都是为了趋近本尊，但是这一切全都是困难的。能够清晰地观想是困难的。也许有时，我们能有清明的一瞥，可是却难以维持和稳固这个观想。另外，即使我们能够有良好、稳定和清晰的观想，也许我们还可以完全专注地持咒，但从根本上，所有这些方法万万不能脱离对空性的理解，而这又是很困难的。在咒和本尊的修行中，我们几乎总是难免把它们想成是有形的、真实存在的，而且总是被客观和主观的二元对立染污。
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