在所谓的加行或基础修法中，最特别的部分就是上师瑜珈，或“与上师的自性结合双运”，籍此方法能令本初智慧立刻在行者的生命中生起。
上师瑜珈是向一位真正够格的老师祈祷，是表达行者深切不变之虔信心的方法。通过修持，行者之心与上师之心合一。为何此修法是必要的呢？因为在过去、现在、未来诸佛中，没有一位已经成佛或将要成佛者，是不依止一位精神导师的。无论行者修持九乘佛法中的任何一个，都必须要依止一位精神导师，接受他教授，并依据其指导而修。此外别无他途。但，即使行者已遇一位老师，并已接受他的指导；除非行者对他和他的教法具有强烈的虔敬心和完全的信心，否则绝对无法领受他的加持，而没有这加持力行者必将无法在道上进步。所以，一切之首，就是行者需要去产生虔信心。
开始的时候，虔信心并非自然涌露，因此我们需要去产生并长养虔信心于我们的心中。为了要产生虔信心，首先，当我们听闻关于老师的生平时，我们要思维他惊人的证悟德性。接着，当我们遇到他时，我们看到那些德性是真实、纯正非伪的，并会逐渐地令我们的信心愈来愈强。于是我们愈来愈深切地向他祈祷，而他的加持力也开始愈来愈深刻地感动我们。
一切成就是源自于上师的加持。在此诸成就并非意指得到健康、长寿或财富等事物。这些不过是次要的成就。我们所意指的乃是对上师正觉本性，也就是我们本具佛性的殊胜证悟。
观想部分
在真正的仪规中，以下念诵的会帮助我们产生虔信心：
“在我们面前的虚空中，一片广阔的虹光中，
是我的根本上师――莲花生大士，
为如海之三种传承的持有者所围绕，
他是一切皈依处的合集。”
此处我们观想我们的根本上师显现以莲师的身形，我们亦可观想他是金刚持，或我们平时看到他的样子。无论怎么观，观想的重点都是在启发我们最强烈和自然的虔信心。观想你所在的地方不再是一处普通的地方，而是神圣的铜色山――仙多巴利（sangdopalri），莲师的佛土。在此佛土之中，一切都由珠宝和稀有之物所做成，它是由透明的净光所成，并充满如彩虹般的莲花宫殿。
我们此时也不是一个凡夫俗子，而是金刚瑜珈女。她站在宫殿中央的一朵莲花，日轮和死尸之上。她是红色的，灿烂地像一颗红宝石般，光辉夺目。她现寂静相，身形如舞姿一般，在她的左腿上是她上跷的右腿。她身着报身本尊的丝绸、珠宝和骨饰庄严。在她的右手中，她拿着一把弯刀，象征着切断我执；在她的左手中，是一个充满着甘露的头盖骨杯。在她左臂的弯曲处之中是一枝代表莲师的卡章杖，卡章杖的一端置于她的肩上。她的舞蹈美丽而宁静。她有着极慈悲的表情，同时也带着轻微的忿怒微笑，展露她的尖锐犬齿，象征着她战胜迷惑。她的身形是金刚瑜珈女；她的本质是殊胜明妃――依喜措嘉（智海王母）。
在我们的顶上是一团虹光的莲花生上师。我们要非常清楚的观想他，不要把他当作像尊塑像般的粗大物质，或扁平地像幅唐卡画像，而是透明、生动且清晰的。我们应连其极微细的部分都要观想清楚，像他瞳仁的黑白颜色，他锦缎法袍上的黄金式样。他透明如彩虹，却又不仅是一尊观想的像，因为他充满着三世十方诸佛的智慧，慈悲和力量。
他坐在一个由八只无畏狮子所支撑的宝座上。宝座上置有一朵莲花、日轮、月轮。关于详细的观想，我们可参考莲花生大士的画或塑像。
莲花生大士自己保证：“任何修我莲师法的人，即等同修持一切善逝法。”透过莲师，我们领受到一切诸佛菩萨的加持力；特别是对于与我们自己根本上师毫无分别的莲师祈祷，是领受无量加持力的最稳当方法。单单籍由向我们的根本上师祈祷，我们就会如同排水沟可以汇集所有雨水般地，得到一切诸佛、文殊师利、观世音、金刚手等等的加持力。上师自己是至高无上的坛城，佛、法、僧三宝的外在示现，其内在即上师、本尊、空行三根本，秘密即法、报、化三身。
最重要的一点就是要具足虔信心。莲花生大士曾说：“凡对我具足信心者，我都会在他面前出现。”因此，单单透过我们的强烈信心，莲花生大士，我们的上师及一切诸佛的加持力都将与我们同在。当我们祈请莲花生大士时，观想他在我们的头顶上，但我们不应认为透过我们的祈祷，莲花生大士便将在未来的某个时候现身，并加持我们。我们应该想着，由于我们的虔信心，他已在当下以其全部的慈悲和智慧真实的现身了。莲花生大士自己曾说：“给我你的心，我将永远在你左右。”
有许多可以用来支持我们虔信心的祈请文。其中最著名的便是七支祈请文。这个祈请文是当空行母们请求莲花生大士时，自然地从法界中生起，为一切众生之缘故而化现出并为世界所用。它是莲师为未来时代的众生所埋藏的岩藏中，许多被发掘的仪规中均有此祈请文。据说它就像是一个孩子呼喊母亲时，他的母亲无法拒绝回应般。凡任何持诵此七支祈请文者，莲师亦必将自光耀的铜色山来到此人的面前。
“吽！
乌金净土西北隅，
莲花花粉之床上，
你已证得不可思议得殊胜成就。
以莲花生而著称者，
为众空行母所围绕。
我将追随您而修行，
我恳求您降临并赐予您得加持。
咕噜贝玛悉地吽！”
我们的虔信心必须要升华到上师永远在我们的心中的地步。不论我们快乐或痛苦，不论我们的遭遇好坏，我们除了依止他外，毫无其他对象可以信赖。假如我们处在富饶、舒适和其他合意的环境中，我们应了解舒适和财富并无本质的真实性，但它们必随我们上师的加持力而来。我们应以曼达将它们供养上师，并利用它们去利益其他众生和教法。
当我们痛苦、生病、被诋毁中伤处在恒久的艰难时，我们应感谢籍由上师的加持力，我们能在拥有它时，体验这些痛苦并将之转为道用。“这正是我们过去世中曾伤害他人，曾犯下各种恶行的果报。如果我不趁现在清净这些行为，我的命运必然是在未来的多生中，投生于下三道。籍着我的上师的慈悲心，我现在可以清净我的业力。我祈愿透过我的这些痛苦体验，一切为痛苦所折磨的众生，其痛苦皆能悉数由我代受。”如此，在快乐时我们不应感到骄傲；困苦中，我们不应感到沮丧。我们应于一切时中保持我们的心无动摇地转向上师。
当我们说除了上师外，什么也不该想时，这意味着当我们行走时，我们观想上师坐在我们的右肩上，我们移动就好像是极恭敬地绕行着他；当我们坐下时，观想上师在我们的头顶上；当我们吃东西时，观想上师在我们的喉中，并供养食物的最初与最好的部分给他；当我们夜晚休息时，观想上师在我们的心中，坐在一朵四瓣莲花上，放光充满宇宙。当我们已将上师恒念在心，毫无杂念时，即使我们经验了心的极大沮丧或不适意，意念上师的单纯事实将完全地清除这一切困难，而令我们心中充满喜悦与信心。
金刚上师心咒
在七支祈请文后，要持诵莲师的十二字真言。这心咒是十二支佛陀完整教法的精髓。十二个字净化十二因缘――那是十二种永存的无明与痛苦。这心咒亦相应于莲花生大士在此宇宙化现期间的十二种行为展现。这并不仅是一个对应于莲师的真言，而包括了三宝、三根本与无数的寂静与忿怒诸佛。
“嗡、阿、吽”，前三个咒字，表示莲花生大士相应于三身――法身阿弥陀佛、报身观世音菩萨与化身莲花生大士的三个面向。“班杂”这咒指出莲师不变、坚固的智慧。“咕噜”在梵文中意为沉重，指上师德行的诸多重则。它也是指从追随他的教导而得到的重大利益，与自他未能追随此诸教导而导致的重大损失。“贝玛”或莲花是咕噜仁波且的名字，也是说到他在一朵莲花上之不可思议的降生。“悉地”指共与不共成就，而“吽”字是对咕噜仁波且的呼唤，请求他赐予这些成就在我们身上。
七支祈请文必须持诵十万遍，而心咒必须持诵一百三十万遍（十二个咒字每字须持诵十万遍，再加上十万次以弥补念诵时出现的任何缺失）。或者，行者如果想以比较简略的方式来持诵，那么亦应持诵心咒四十万遍。
总上所言，上师瑜珈是最圆满的修持法，并且不会出现任何危险。它并没有像生起次第中坛城般复杂的观想。同时，如果行者正确地修习上师瑜珈，一切生起和圆满次第的特质都将自己地生起。相反的，没有对上师的虔信心，即使修持了多年的生起和圆满次第，行者的修持将永远不坚固，并且永远无法尝到它的成果。就如同吉美林巴所说：“对上师具足信心即是究竟皈依。”
接受四种灌顶
在持诵七支祈请文和莲师心咒之后，从莲师的三门及其全身放光，令我们接受他的身、语、意和智慧的加持。在他前额中的“嗡”字放白光，融入我们前额中相对应的“嗡”字，净化了我们身的恶行。同样的，在他喉咙中央的“阿”字放红光，以净化语的恶业；而其心中的“吽”字放蓝光，以净化心的恶行。最后，他的全身放白、红、蓝、黄、绿五色光，融入我们的身体之中，净化我们身、语、意的一切障碍。自然的，我们领受了四种灌顶――瓶灌、秘密灌，智慧灌和象征的灌顶，而在我们的本体中种下了证悟四身的种子。仪规说道：
“籍由来自三门处三种子字之光，
我获得加持、灌顶与诸成就。
莲师化光融入我身中。
与他无二无别而安置於纯一中。”
最后，我们顶上的莲师化入一团光中，然后光团融入我们身中。我们要想我们的心和莲师的心合一而毫无分别。然后我们也融入光中，安住于绝对的自心本性――究竟纯一的境界中。当念头再生起时，我们应知觉诸形象、声音和追忆等现象，都是莲师的身、语、意展现。一切现象都是莲师身的化现；一切话语和声音都是莲师的语，和十二字真言的自然共鸣；一切念头都是莲师之心的游戏――其心乃不再被污染之思想，是觉知的自然创造力，非概念的智慧，都是莲师成佛之心的本质。
事实上，当我们考察心的时候，不可能以各种颜色、形状或位置形容心的空性的一面。但它能够觉知与知晓轮回和涅盘。
结行
我们必须结合我们的强烈虔信心，和利益一切有情众生之菩提心在一起。当我们祈祷上师时，应想一切有情众生都和我们一起祈祷，像是我们领导着祈祷般。当我们领受莲花生大士的加持时，我们要想一切有情众生都和我们一起领受到。我们祈请上师的一切时，都要知道它对我们趋近成佛是相当有利且珍贵的；我们即使供养了一滴香油给我们上师的身体，亦胜过以充满虚空之供品供养十方诸佛。
最后，我们应回向这个修法的功德给一切有情众生，愿他们皆因此得亲见莲师，听闻其声，了悟其智慧，并在他们死后得以尽快投生荣耀的铜色吉祥山。而凡是亲见莲师者，愿他们皆圆满成佛。
从此我们已进入了佛法之门的开始，直到达成大圆满阿低瑜珈的究竟证悟，上师瑜珈都必须是我们修持的中心。简言之，上师瑜珈是道上进步及遣除一切我们道前障碍的最有效方法。这就是为何我们应令它成为我们修持的中心，并时时保持在我们心中的原因。
附注：
宗萨钦哲仁波切今年7月说的话：“很多人知道念诵莲师心咒虽然重要，更重要的是去做。”就像仁波切说的：心咒就是本尊，本尊即是心咒。念诵本尊心咒，积累相当数量的心咒，就是接近本尊，也就是接近觉醒者。“观音菩萨与汉地弟子非常有缘，莲花生大师是男观音菩萨，念诵莲花生大师心咒，会得到诸佛菩萨智慧与力量的加持，消除灾祸、圆满心愿。
索甲仁波切写的《西藏生死书》对莲花生心咒的部分解释：“在当前的困难时代里，我们所能祈请与皈依的，以莲花生大师最殊胜，所以，他的心咒最适合这个时代。这个心咒共12个字，代表佛陀说法的十二部（八万四千法门精华）的整个加持。此心咒是莲花生大师智慧心的发射，具有他的加持。它是莲花生大师的声音显现，因此当你以念诵12个字母来祈请他时，你将获得巨大的加持和功德。
“我从未离弃信仰我的人，或甚至不信我的人，虽然他们看不见我。我的孩子们将会永远永远受到我慈悲心的护卫。”
莲花生心咒：发音：om a hong ban za gu ru bai ma xi di hong .
音译：om \啊\ 哄\ 班杂\ 咕噜\ 白玛\ 悉地哄。
om ---是诸佛菩萨（身）的精华、净化一切身恶业。
a(啊）---是诸佛菩萨（语）的精华，净化一切语恶业。
hong（哄）--是诸佛菩萨（意）的精华，净化一切意恶业。
以上三个字om\a\hong\----代表一切诸佛身、语、意、的加持。
banza(班杂）---是金刚钻，最坚硬最珍贵的，
guru（咕噜）---是上师，具有非常殊胜德行的人，它象征智慧、知识、慈悲和方便。
“咕噜”具有不可思议的品质、使它变成无可超越，殊胜无比，在此比喻报身和大悲的观世音菩萨，“banza guru” 是金刚上师的意思。
baima（白玛）---是莲花的意思，这里指莲花生大师。
xidi（悉地）--是“ 真正成就”、“证得”“加持”“证悟”的意思，证悟有两种：一般和无上，透过接受一般悉地的加持，我们生命中的一切障碍可以全部消除，我们的一切愿望可以满足如：财富、地位、长寿自然会增加，生命的各种环境会变得吉祥，并且有助于修行和觉悟。无上悉地的成就可以产生觉悟，这是莲花生大师的圆满境界，能利益自己和一切众生。
hong（哄）---是诸佛之心。
这个咒的意思是：我祈请你，诸佛身语意的精华，金刚上师，莲花生大师，以你的加持力赐给我们一般和无上的两种成就。
关于念诵莲师心咒的功德:
以下摘自---索甲仁波切<生死无惧>
“运用咒语，以专一的恭敬心虔诚地奉献你的心和灵魂，把你的心和莲花生大士或上师连结一起。
慢慢地，就会感觉自己与莲花生大士越来越接近，你和他的智慧心的鸿沟也越来越小。逐渐地，通过此修法的加持和力量，你会真正体验到，你的心已经转成莲花生大士和上师的智慧心，认证出他们与你是不可分割的。就像把指头伸入水中，它会弄湿；把它放入火中，它会烧伤；所以若把你的心投入诸佛的智慧，就会转化成他们的智慧心。慢慢地，你的心会发现自己处在本觉的境界中，因为心的最内在本质即是诸佛的智慧。这就好像你的凡夫心慢慢死亡和消融，你清净的觉醒，你的佛性，和你内在导师都一一显露而出。这是"加持"的真正涵义——你的心转化进入绝对的境界。”
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